El presidente Chávez exigió al gobierno colombiano una disculpa, por considerar que el hecho era una "violación de la soberanía venezolana", y acusó a Estados Unidos de intentar dañar las relaciones entre los dos países.

El presidente Uribe, por su parte, se negó a presentar disculpas argumentando que Colombia era el país ofendido, ya que el gobierno de Venezuela "daba refugio a terroristas de las FARC".

El ministerio del Interior de Venezuela inició una investigación al respecto cuando surgieron las primeras denuncias, entre ellas las de la diputada Iris Varela y del diputado Luis Tascón, referentes a que Granda habría sido secuestrado en complicidad con funcionarios policiales venezolanos que habían sido sobornados, en violación de la soberanía del país.

“Ante lo ocurrido en Caracas por el secuestro de Rodrigo solicitamos al gobierno bolivariano de Venezuela fijar una posición frente a las garantías a las demás organizaciones bolivarianas que eventualmente visiten su país".

Existen informaciones de que Rodrigo Granda, para la época en que fue detenido, mediaba al parecer un acercamiento entre las FARC-EP y el gobierno de Francia con el propósito de restablecer relaciones entre el grupo armado y tres países europeos (España, Francia y Suiza) que dialogaban por la liberación de Íngrid Betancourt y otros secuestrados del "intercambio humanitario", sin el consentimiento del gobierno colombiano.