La función principal de la junta, al igual que otras como las de Asturias y las provincias vascas, era proteger los intereses provinciales frente a los monárquicos, atendiendo principalmente a los fueros, costumbres locales, privilegios, libertades, franquicias e intereses jurisdiccionales, gubernativos, fiscales y militares.
Se creó entonces la provincia marítima de Santander por orden estatal, oficializada en 1815.
La junta obtiene en 1645 las Ordenanzas Generales de Provincia.
Desde un primer momento Santander se mostró arrogante, queriendo llevarse la capitalidad y no terminando de aceptar oficialmente su pertenencia a la nueva provincia.
Finalmente el revés vino desde el Estado, que decretó la creación de nuevas provincias, llamadas marítimas, entre ellas la de Santander, que otorgaba a esa población el protagonismo que quería en virtud a su renovada relación con Castilla, obtenida al realizarse el Camino de Reinosa.