[5]​ Fukunaga escribió y dirigió el corto Victoria para Chino (2004) mientras estudiaba en la Universidad de Nueva York.

El director también escribió y dirigió un segmento del proyecto cinematográfico Chinatown Film Project (2009).

Fukunaga debutó con su primer largometraje en 2009: Sin nombre, del que fue guionista y director.

Un año después, Fukunaga obtendría un Premio ACE al mejor debut en cine.

La película se estrenó en 2011 y fue nominada a un Óscar al mejor vestuario por el diseño de vestuario de Michael O'Connor y un Premio Goya a la mejor película europea.

Pasado un tiempo Fukunaga decidiría abandonar el proyecto por discrepancias con la productora, siendo sustituido como director por Andrés Muschietti.

Fukunaga ha sido seleccionado para dirigir la nueva película del Agente 007, No Time to Die, la que sería la última cinta en con Daniel Craig interpretando a James Bond.

[8]​ En la actualidad, Fukunaga reside en Nueva York, pero anteriormente vivió en Francia y Japón.