Él y su hermano René se unieron al movimiento sandinista, entonces clandestino, en 1969.
Carlos Núñez, quien recibió entrenamiento guerrillero en el extranjero, fue rápidamente puesto a cargo de las operaciones en León, luego asignado a Managua.
[1] En marzo de 1979, se unió a la Dirección del FSLN, poco antes de que lograra derrocar a Anastasio Somoza Debayle.
[2] Aunque el FSLN perdió las elecciones legislativas en 1990, Núñez fue reelegido ese año.
Su sucesor en la presidencia de la Asamblea Nacional fue su hermano René Núñez Téllez.