En 1990 ganó el primer lugar en la I Bienal Nacional de Video por su documental Modernidad bárbara y en 1993 ganó el premio a Mejor guion por su documental Contracorriente obtuvo el premio al mejor guion en la II Bienal Nacional de Video.
En 1999 publicó su libro El ojo con memoria, apuntes para un método de cine documental editado por la UNAM, además de ganar el Premio José Rovirosa por su documental Petatera.
En 2002 obtiene el premio Volcán del Festival Pantalla de Cristal, a la trayectoria documentalista.
En 2003 logra el segundo premio Coral con su documental Tlatelolco, las claves de la masacre durante el Festival Internacional del Nuevo Cine Latinoamericano de La Habana, Cuba.
Como parte de su labor académica, Carlos Mendoza ha escrito seis libros:[1]