Carlos José de Habsburgo, archiduque de Austria (Viena, 7 de agosto de 1649 - Linz, 27 de enero de 1664) fue el único hijo del emperador Fernando III de Habsburgo y su segunda esposa, María Leopoldina de Habsburgo, quien murió durante el parto.
Su elección como obispo fue confirmada por el papa Alejandro VII el 23 de abril de ese mismo año.
Como coauditor se puso a su lado al archidiácono Sebastian von Rostock.
Sin embargo, tales encargos nunca fueron ejercidos de forma activa por Carlos José, ya que debido a su juventud no podía recibir las órdenes sacerdotales, además de morir con apenas 14 años.
Su cuerpo se encuentra sepultado, junto al de sus progenitores y otros miembros de la casa de Habsburgo en la Cripta Imperial de Viena.