Carlos era el hijo mayor de Jacobo I de Baden-Baden y su esposa Catalina, hija de Carlos II, duque de Lorena.
Gobernó junto a su piadoso hermano Bernardo II hasta el fallecimiento de este en 1458.
Carlos de Baden se vio implicado en la Guerra de Baviera (1459–63) contra Federico I, Elector Palatino.
Esta guerra terminó en el mismo año con la derrota de Carlos y su captura en la batalla de Seckenheim (junio de 1462).
Tuvieron seis hijos: