En 1882 estaba de vuelta en Múnich, donde viviría el resto de su vida, salvo periódicas visitas a los Estados Unidos para exhibiciones y visitas familiares.
Su primer trabajo, Ahasuerus, the Wandering Jew, recibió una medalla en Múnich.
Otra de sus obras, The Flagellants, fue quizá su obra más importante.
Pintada en 1889, la pintura generó todo un acontecimiento tanto en Alemania como en Estados Unidos.
Marr fue profesor en la Real Academia, Múnich, desde 1839, y director desde 1919.