Los esposos se fueron a vivir a San Diego (California) en 1888, donde él trabajó como curador de una sociedad de historia natural y contribuyó en la fundación del Laboratorio Biológico de San Diego.
En 1892 el famoso científico Albert C. L. G. Günther financió la primera expedición de los Eigenmann, por Norteamérica, para recolectar especies.
Las siguientes expediciones se centraron en los peces ciegos y salamandras de las cuevas en Indiana, Texas, Misuri y Cuba.
El mismo año obtuvo el patrocinio del Carnegie Museum para viajar a Suramérica y en septiembre de 1908 se inició la Guayana Británica.
Rosa continaba colaborando con su trabajo científico en Indiana, pero con menos intensidad debido al cuidado de sus cinco hijos, especialmente de una hija discapacitada.