Luego, obtuvo tanto su licenciatura en filosofía como su doctorado en teología, en la Pontificia Universidad Gregoriana de Roma.

Fue luego nombrado encargado de la formación permanente del clero diocesano.

Creó el Santuario Diocesano del Niño de las Palomitas, que es el segundo más importante en su tipo en la Diócesis de Zacatecas.

Se celebraron el Segundo Sínodo Diocesano en 1994 y el Congreso Internacional Mariológico en 1996.

Adicionalmente, fue el enviado especial del Papa al X Día Mundial del Enfermo el 11 de febrero de 2002 en Vailankanni, India.

En el 2009, recibió "una severa reprimenda del Vaticano", por haber declarado que los homosexuales y transexuales nunca podrán entrar al cielo.