Los frutos, centimétricos, son bayas esféricas o ligeramente aplanadas, de color primero verde, luego verde muy óscuro y finalmente rojo al madurar; contienen 6 semillas amarillenta-pardas brillantes.
[2][3] Capsicum galapagoensis fue descrita por Armando Theodoro Hunziker y publicada en Huitieme Congr.
[6][7] Capsicum: neologismo botánico moderno[8] que deriva del vocablo latino capsŭla, ae, ‘caja’, ‘cápsula’, ‘arconcito’, diminutivo de capsa, -ae, del griego χάψα,[9] con el mismo sentido, en alusión al fruto, que es un envoltorio casi vacío.
En realidad, el fruto es una baya y no una cápsula en el sentido botánico del término.
galapagoensis: epíteto geográfico que alude a su localización en las Islas Galápagos.