En Capitán América: Civil War, el desacuerdo sobre la supervisión internacional de los Vengadores los fractura en facciones opuestas, una liderada por Steve Rogers y otra por Tony Stark.

En la actualidad, Steve Rogers, Sam Wilson, Natasha Romanoff y Wanda Maximoff, detienen a un grupo terrorista liderado por Crossbones, quien pretende robar un arma biológica en la sede de IDEI ubicada en Lagos, Nigeria.

en Washington D. C., la destrucción de Sokovia ocasionada por Ultrón y el accidente más reciente del edificio en Lagos.

Tras una persecución con Pantera Negra, las fuerzas especiales alemanas y el Capitán América bajo un túnel en Bucarest, Rumanía, Bucky finalmente es arrestado por la policía con la ayuda de Rhodes, al igual que Rogers, Wilson y T'Challa por obstrucción a la justicia.

Mientras tanto, Barton va al complejo de los Vengadores donde se encontraban Visión y Wanda, para rescatar a esta última.

En el complejo de los Vengadores, Stark descubre que Romanoff estuvo como doble agente y advierte que T'Challa podría delatarla con Ross, e inmediatamente Romanoff desaparece no sin antes decirle a Tony: "no soy yo quien debe cuidarse la espalda" y se retira del complejo de los Vengadores.

Cuando Ross le avisa a Stark sobre una fuga en la prisión "La Balsa", este último decide ignorar la llamada.

En una escena post-créditos,[7]​ Peter se encuentra arreglando su lanza telarañas cuando sin llamar su tía, May Parker, aparece y pregunta por los golpes de Peter, el joven hace unas cuantas bromas sobre la pelea del aeropuerto disimulando el verdadero origen de sus lesiones frente a su tía.

[85]​[86]​ Martin Freeman es presentado como Everett K. Ross, un miembro del Centro Conjunto Contra el Terrorismo de la CIA y un personaje asociado con Pantera Negra en los cómics.

había entrado en últimas negociaciones para repetir su papel como Tony Stark / Iron Man en la película.

[100]​ Anthony Russo declaró que adaptar la historia Civil War no siempre fue la intención, ni la dirección de la película cuando los hermanos inicialmente se sumaron como directores.

[114]​ Markus profundizó diciendo que el concepto original para una tercera película del Capitán América «nunca llegó a borrador», con Feige diciéndole en algún momento al equipo que comenzara a adaptar Civil War alrededor de sus ideas originales.

[20]​ El editor Jeffrey Ford, que trabajó en The Winter Soldier, también firmó para Civil War.

[81]​ Además, Elizabeth Olsen reveló que repetiría su papel como Wanda Maximoff / Bruja Escarlata en la película.

Siempre estábamos en peligro de dañar el trato; aún había temas sensibles entre ambos estudios en los que debíamos acordar».

[60]​[124]​ Opaloch señaló que hubo discusiones a fines de la preproducción para rodar toda la película con las cámaras Alexa 65.

Sin embargo, debido a lo poco que faltaba para iniciar el rodaje, así como la idea siendo «un compromiso de tan gran escala», se decidió usarlas solamente para la secuencia del aeropuerto, con el resto de la película rodada con cámaras digitales Arri Alexa XT.

Sintieron que Ross «estaba ahí como la agenda del gobierno, no para agregar otro complicado personaje superpoderoso a la mezcla».

Así que todos empiezan a matarse en este punto [...] terminaremos con la película en dos meses y medio».

[91]​ Casi veinte estudios de efectos visuales trabajaron en Capitán América: Civil War, entre ellos Industrial Light & Magic (ILM), Lola VFX, Method Studios, Luma Pictures, Dneg, Image Engine, Trixter, Cinesite, y The Third Floor entre otros.

[167]​ Aunque el compositor repitió y desarrolló sus temas para el Capitán América y el Soldado del Invierno de la película anterior,[168]​[169]​ e introdujo motivos para los nuevos personajes Spider-Man, Pantera Negra, y Zemo,[167]​ Fue cauteloso de no empujar a la audiencia a un lado o al otro del conflicto central usando música específica de un personaje; Jackman compuso un nuevo tema principal para representar la guerra civil, «un tema genérico para equilibrar todo»,[170]​ «hacia el cual todos los personajes puedan gravitar.

El video concluye con una imagen del Capitán América y Iron Man partiéndose a la mitad.

[185]​ Mendelson añadió que Marvel no necesitaba seguir el modelo usado para The Winter Soldier durante el Super Bowl XLVIII de mostrar un avance más largo ya que Civil War era «francamente [una] secuela de más alto perfil».

Además, hubo doscientas cuarenta mil publicaciones de redes sociales en Twitter, Tumblr, Instagram y Facebook, entre otras, relacionadas con el tráiler, superando las ochenta y un mil que recibió el avance de Age of Ultron en 2014.

Ese torpe "hola a todos" de voz quebrada fue tan humilde, aparentemente relajado y engreído como él debería ser».

Por tantas cosas buenas que esa película tiene [... finalmente muestra] al héroe principal tonta o imprudentemente [traer] una amenaza mundial a la Tierra, suceden muchas cosas malas y aun así a nadie parece importarle al final [...] ¿Qué significa si Civil War retroactivamente mejora Age of Ultron?

[204]​ En la Licensing International Expo de 2015, Disney Consumer Products anunció que se asociaría con licencias como Hasbro, Lego, Funko, Hot Wheels, Rubies, Mad Engine, C-Life, Jay Franco, Global Brand Group, Kellogg's, Hallmark, y American Greetings para vender mercadería relacionada con la película;[205]​ Coca-Cola,[206]​ Google, Samsung, Wrigley, Harley Davidson, Audi, Synchrony Financial, Pringles, Keebler, Pizza Hut, Pop Secret, Mouser Electronics, y Vivo, entre otras marcas, también fueron licenciadas de la película.

[209]​ Nuevamente escrito por Pilgrim, el cómic se narra desde la perspectiva de Barnes, Rumlow y Rogers, mostrando cómo cada uno terminó donde comenzaron en Civil War.

O. Scott de The New York Times escribió, «Capitán América: Civil War no trasciende en ningún sentido las convenciones del género.

[258]​ Según Feige, Civil War es la conclusión de la trilogía del Capitán América que comenzó con El primer vengador.