Su obra se caracterizada por una rigurosa investigación de las fuentes y por una visión crítica de los hechos históricos.

Realizó sus estudios primarios y secundarios en Fortaleza y en Recife, trasladándose a Río de Janeiro en 1875.

En esta ciudad se empleó en la famosa Librería Garnier, pasando a colaborar en el periódico Gazeta de Notícias.

Nombrado oficial de la Biblioteca Nacional (1879), se inscribió en un concurso oficial del Colegio Pedro II para una plaza de profesor de Corografía e Historia de Brasil (1883).

En señal de protesta, Capistrano rechazó dar lecciones de la nueva disciplina, prefiriendo mantenerse disponible para dedicarse a la investigación.