En su forma primitiva contaba con un retablo de estilo clásico según diseño de Giacomo della Porta y que era gemelo al que se encontraba en la capilla situada en el lado del Evangelio del transepto (actualmente dedicada a San Ignacio y anteriormente a Cristo crucificado).
Durante este período la capilla se encontraba bajo patronato del cardenal Girolamo Rusticucci.
El cardenal Negroni quiso renovar el altar para que albergara el antebrazo de Francisco Javier.
El altar fue finalizado en 1679 cuando se colocó el lienzo que ocupa la parte central del retablo.
En la partición del frontón se dispone un altorrelieve representando a San Francisco Javier llevado al Cielo por ángeles.