El canal do Linguado (lit., 'canal del Lenguado') es un canal fluvio-marítimo natural de Brasil localizado en el estado de Santa Catarina, que conecta la bahía de Babitonga con el océano Atlántico, separando la isla de São Francisco do Sul del continente, y formando una laguna que se une al mar por la barra sur de la referida bahía.
El canal, en el tramo lagunar sur, además de estrecho, tiene veintidós islotes, sin contar la isla do Linguado (a veces denominada João Dias), que es la mayor en todo el brazo de mar, con cuatro kilómetros de largo.
Son ejemplos la isla do Monteiro y la isla do Lino, que están prácticamente unidas a la isla de São Francisco, y la isla da Passagem, que está casi unida a las márgenes continentales.
La salida al mar del canal fue cerrada por un terraplén —más o menos a mitad del canal, en el tramo de la isla do Linguado— para permitir el paso del ferrocarril en el año 1935.
Hoy se discute la reapertura del canal para volver a permitir el flujo normal de las corrientes de marea.