Desafortunadamente, por deficiencias en su método de construcción, casi el 50% del agua se pierde durante el transporte a través de fisuras en el canal, generando lagos y lagunas a su paso, y una elevación del nivel de la napa de agua lo que ha generado grandes problemas por salinización de la tierra.
Este canal y el otro paralelo al norte de Turkmenabat son la causa del desastre ambiental del mar de Aral, que ahora está diseminado a los lados de estos dos canales.
El actual canal de Karakum no fue el primer intento de llevar agua desde el Amu-Darya a los Karakums.
A comienzos de la década de 1950, se comenzó la construcción del Canal Principal de Turkmen, cuyo inicio estaba planificado para una ubicación mucho más al norte (cerca de Nukus), y correría en dirección suroeste hacia Krasnovodsk.
[1] Mapa del canal de Karakum - World Atlas - msn encarta