[1]​ Las enseñanzas se impartían en inmuebles propiedad del fundador Álvarez de Toledo.

El colegio se fundó con veintidós cátedras de teología, cánones, leyes, artes, medicina, cirugía, griego, retórica y matemáticas, pero estas enseñanzas no contaban todavía con rango universitario.

[2]​ La petición no fue atendida hasta tres décadas después.

La nueva universidad podía expedir títulos de doctor y licenciado, alcanzando así la misma categoría y concediendo los mismos grados que la Universidad de Salamanca, entre otras.

[3]​ En 1529 se obtuvo la autorización del rey Carlos I y se aprobaron las primeras constituciones de la Universidad y el Colegio.

[5]​ La Universidad fue ganando prestigio a lo largo del siglo XVI.

La universidad no se cerró finalmente, en gran medida gracias al apoyo económico y académico recibido por el arzobispo de Toledo y cardenal Francisco de Lorenzana.

Lorenzana consiguió recuperar el apoyo del rey a la universidad y en el año 1795 compró unos edificios que habían pertenecido a la Iglesia y los donó a la universidad para su derribo y construcción en su lugar de una nueva sede, necesaria al resultar insuficientes las instalaciones cedidas por el rey Carlos III anteriormente.

[8]​ El cardenal encargó al arquitecto Ignacio Haan la construcción del nuevo edificio, que se edificó en estilo neoclásico.

[9]​ El arquitecto redactó rápidamente el proyecto y en cinco meses comenzaron las obras, en noviembre de 1795.

Tres años y medio después, en abril de 1799, la universidad tomó posesión del nuevo edificio.

[10]​ En 1845, la Real Universidad de Toledo fue clausurada, con motivo de la puesta en funcionamiento de la Universidad Central de Madrid, abriéndose un espacio de más de un siglo en el que no se impartirían enseñanzas universitarias en la ciudad, (salvo Magisterio, cuya escuela se fundó en 1845-46, y la desaparecida Universidad Pontificia de Toledo, que funcionó entre 1896 y 1931), hasta la creación en 1969 del Colegio Universitario Toledano Santa Catalina (CUTSC), adscrito a la Universidad Complutense de Madrid, en el cual se implantaron las licenciaturas en Filosofía y Letras (Primer Ciclo), Ciencias (Primer Ciclo), Ciencias Económicas y Empresariales (completa) y Derecho (completa).

La mayor parte de la programación varía cada año, aunque algunos cursos se mantienen en todas las ediciones, si bien con contenidos diferentes, como el Curso de Cultura Hispanojudía y Sefardí, que comenzó a impartirse en 1991 en colaboración con el Museo Sefardí.

[21]​ En el curso académico 2012-2013, el Campus de Toledo contaba con 7.129 estudiantes.