Se realizó una liguilla entre los 6 equipos mejor ubicados en la primera fase del Torneo Clausura para determinar los dos cupos restantes para la Copa Libertadores 2002 (exceptuando a Cerro Porteño, que ya tenía un cupo, y a Cerro Corá, por haber descendido).

Sportivo Luqueño recibió 3 puntos adicionales por ser el vicecampeón absoluto del Campeonato 2001.

Los dos equipos mejor ubicados recibían los dos cupos restantes para disputar la Copa Libertadores 2002.

Pos=Posición; PJ=Partidos jugados; PG=Partidos ganados; PE=Partidos empatados; PP=Partidos perdidos; GF=Goles a favor; GC=Goles en contra; Dif=Diferencia de gol; Pts=Puntos Como Sportivo Luqueño ganó el vicecampeonato del Torneo Apertura, y Guaraní hizo lo mismo en el Torneo Clausura, se tuvo que recurrir a un desempate.

Pese a la victoria de Luqueño que se quedó con el vicecampeonato anual, no le dieron el cupo a la Copa Libertadores del siguiente año, tal como había pasado con Guaraní el año anterior.

De haber persistido la igualdad, se debían ejecutar tiros desde el punto del penal.