El 3 de febrero llegó a Ushuaia, partiendo el día 10 para su segunda etapa antártica.
Siguió luego por Brown, Primavera, Decepción, Cámara, Jubany, Esperanza, Petrel y Marambio.
El ARA Gurruchaga llegó a Jubany el 10 de diciembre de 1999, siguiendo por la bases Frei, Bellingshausen y Orcadas, retornando a Jubany e inspeccionando la baliza Ardley y el Refugio Ballvé.
Siguió a las bases Gran Muralla, Gabriel de Castilla, Artigas, Arctowsky, Lemay y Ferraz.
Se dirigió a las bases Cámara, Filness, Pratt, Macchu Picchu, Decepción, Melchior, Palmer y el 14 de febrero fondeó en Puerto Lockroy.