Esta asociación quería preservar los caballos de la tribu Nez Perce, casi extintos.

Los pioneros americanos se referían a estos caballos moteados como "caballos de Palouse", posiblemente por el río Palouse, que atravesaba el corazón de la región Nez Perce.

Hay otras tres características distintivas "centrales": moteado de piel, cascos a rayas, y los ojos con una esclerótica blanca.

[1]​ El moteado de la piel suele verse alrededor del hocico, los ojos, el ano y los genitales.

[2]​ Las pezuñas rayadas son un rasgo común, bastante notable en las Appaloosas, pero no exclusivo de la raza.

[3]​ Debido a que ocasionalmente nacen individuos con poco o ningún patrón moteado visible, la ApHC permite el registro "regular" de caballos con piel moteada más al menos una de las otras características principales.

[7]​}[8]​ El Appaloosa original tendía a tener un perfil facial convexo que se parecía al de los cruces warmblood-Jennet desarrollados por primera vez en el siglo XVI durante el reinado del emperador Carlos V.

[5]​ Los Appaloosas originales a menudo tenían una escasa crin y cola, pero no era una característica principal, ya que muchos de los primeros Appaloosas tenían crines y colas completas.

A partir del siglo VII se les encuentra en artículos de arte, reconociéndose así el gusto que los chinos tenían por estos caballos.

El nombre de la raza appaloosa proviene del río Palouse, que atravesaba la región habitada por los Nez Perce.

Hoy día se acepta de manera más precisa que el origen del caballo appaloosa está en el área formada por los ríos Palouse, Snake y Clearwater todos en el norte de Idaho-USA, y que se corresponde con el Nez Perce National Forest.

Hoy en día es la raza que goza del tercer lugar mundial en popularidad, con más de 600 caballos registrados en el Appaloosa Horse Club.