Cuando a finales del siglo XIX se proyectó hacer la obra de soterramiento del río Esgueva para diseñar la plaza de Portugalete y construir el mercado se desmontó la fuente y se construyó una nueva en un rincón de la plaza.

El manantial daba agua además a un lavadero y después se deslizaba hasta el cauce del río Esgueva que pasaba a poca distancia paralelo al muro oeste de la catedral.

[2]​ En 1862 el Archivo Municipal da cuenta del estado de aquellos caños y hace su descripción:[3]​

La fuente de los Caños era muy solicitada y abastecía de agua a toda la vecindad y al lavadero descrito y como tal fuente pública daba lugar al bullicio, peleas y gritos cosa que no era en absoluto grato para el Cabildo catedralicio que en más de una ocasión había pedido a los ediles su intervención, incluso el desmonte de la fuente.

Por eso y tras muchos debates ambas instituciones llegaron a un acuerdo: el Cabildo cedería gratis los terrenos de su propiedad y el Ayuntamiento se llevaría la fuente a otro lugar alejada del templo.