El comité ejecutivo es responsable ante la asamblea general a la que presenta un informe cada tres años.
El Comité Científico está integrado por doce miembros elegidos por el Comité Ejecutivo y cuya secretaría corre a cargo del Secretario Ejecutivo del Consejo, es el tercer órgano de gobierno de CODESRIA.
Sus miembros son elegidos por la asamblea general teniendo en cuenta la diversidad de la comunidad científica en términos de género, generación, origen geográfico, idioma y disciplina.
La Secretaría es responsable de la implementación del programa intelectual ratificado por la Asamblea General.
Desde 2017 el Secretario Ejecutivo es el historiador y analista político keniano Godwin R.
La institución acogió también la AFARD (Asociación de Mujeres Africanas para la Investigación y el Desarrollo) creada en 1977 de la que formaban parte Fatima Mernissi (Marruecos), Alya Baffoun (Túnez), Marie-Aimée Hélie-Lucas (Argelia), Ndri Assié-Lumumba (Costa de Marfil), Zen Tadesse (Etiopía), Patricia McFadden (Swaziland) y Ndèye Sow.