Durante los torneos Clausura 2006 y Apertura 2013, finalizó subcampeón de la máxima categoría del fútbol hondureño.Además en ese año, la industria bananera se vio amenazada, por epidemias como la sigatoka.En ese entonces, Honduras se encontraba el bajo régimen represivo del dictador Tiburcio Carías Andino.[2] Por muchos años luego de su fundación, este equipo que llevaba como insignia una V en su playera fue presidido por Ñel Vega y dirigido técnicamente por Victoriano Azcona.[2] En la temporada 1994/95, el Club Deportivo Victoria realizó hasta ahora, su mejor desempeño dentro del fútbol hondureño.Luego de haber tenido una temporada regular, el Club Deportivo Victoria logró su clasificación como quinto lugar a la postemporada.Para ese crucial juego, el Victoria formó así: Carlos Padilla, Miguel Guity, Javier Martínez, Raúl Sambulá, José García, Renán Aguilera, Erick Fú, Floyd Guthrie, Álvaro Izquierdo, Juan Reyes Grueso y Enrique Renau.“Celebré ese gol porque sentíamos que podíamos hacer historia en el balompié nacional”, dijo Reneau.Este triunfo le dio el pase a la final y enfrentar al Club Deportivo Olimpia de Tegucigalpa que había dejado en el camino al Club Deportivo Motagua.El Victoria alineó con, John Bodden, Máximo Arzú, Fabio de Souza, Anthony Torres, Carlos Morán (Ronald Maradiaga), Jaime Rosales, Vladimir Guity (Héctor Flores), Luis Grant, Marvin Chávez, Alejandro Naif, Mitchel Brown.Los "Jaibos" del Victoria, enfrentaron al Club Deportivo Motagua primero en Tegucigalpa y luego en La Ceiba.El segundo encuentro llevado a cabo en La Ceiba, también finalizó empatado, excepto que esta vez fue 2-2.El agregado final de estos dos encuentros fue de 3-3; con este resultado, el Victoria pasó a la gran final, debido a que finalizó segundo en la tabla general del torneo regular."[5] Este resultado obligaba al Victoria a ganar en Tegucigalpa en el partido de vuelta.Este encuentro finalizó con un contundente triunfo del cuadro local por 4 goles por cero.A nivel internacional el Club Deportivo Victoria tuvo muy pocas participaciones.A este equipo, los "Jaibos" del Victoria lo eliminaron, al vencerlo con un marcador global de 2-1.[7] En la etapa semifinal, el Victoria le tocó enfrentarse al Club Deportivo Olimpia de Tegucigalpa.No obstante, Martín Fajardo, director deportivo del Victoria, aseguró que el equipo está listo para la Concachampions.De hecho, la planificación que estamos haciendo es para el torneo local y la Liga de Campeones”, aclaró Fajardo.“Victoria es una institución seria y como tal tenemos que afrontar los torneos con la seriedad del caso”, manifestó.Dos temporadas más tarde (1970–71), el Victoria tuvo una pobre campaña acumulando solamente 14 puntos de 54 posibles.En esa temporada, el Club participó en 27 partidos, ganó 3, empató 8 y perdió 16.Durante esa temporada, el equipo logró ocupar la octava posición y a su vez mantenerse en primera división, luego de acumular 22 puntos.Victoria le compró la categoría al recién ascendido, Honduras Salzburgo de El Progreso.También tiene cierto grado rivalidad con el Club Deportivo Marathón de San Pedro Sula.Estadísticas del Club Deportivo Victoria Al grupo organizado de aficionados del Victoria se le conoce como "La Jaiba Brava", uno de los principales en el fútbol hondureño, por detrás de otros más numerosos como Ultra Fiel (Olimpia), Revolucionarios 1928 (Motagua), Mega Locos (Real España) y Furia Verde (Marathón).David Patiño Marco Mendoza Henry Oliva Ricardo Canales Amelia Ochoa
Equipo subcampeón en el Torneo Clausura 2005/06.
Celebración de un gol del Club Deportivo Victoria en el Torneo Apertura 2012/13.