En 1938, dejó la enseñanza y se convirtió en jefe de investigación en el John Lewis Partnership.
Se unió al Hut 6, la sección encargada de decodificar los mensajes de la Marina y las Fuerzas Aéreas alemanas mediante la Máquina Enigma.
Se convirtió en subdirector del Hut 8 por debajo de Alan Turing.
Estuvo más involucrado con las operaciones día a día del hut que Turing y cuando este visitó Estados Unidos, se convirtió en director del Hut 8 en torno a noviembre de 1942.
En 1949, había sido promocionado a director de la Sección H (criptoanálisis), donde trabajó hasta su jubilación en 1971.