[3]​ Siendo uno de los entrenadores más jóvenes que han dirigido en el FPC.

Para 2009, el club decide contratar al experimentado Eduardo "El Abuelo" Cruz y César pasa nuevamente a ejercer como asistente durante 3 años (2009, 2010 y 2011).

Al año siguiente (2013) vuelve a ser asistente de Eduardo "Abuelo" Cruz en el Deportes Quindío.

Tras la llegada del nuevo entrenador (Arturo Boyacá), César continúa siendo el asistente técnico del club, hasta que renuncia Boyacá y él queda nuevamente como el timonel encargado de salvar al Deportes Quindío del descenso.

Su mayor logro hasta el momento ha sido clasificar al equipo petrolero a los Cuadrangulares Semifinales del Torneo Finalización 2019.