Igualmente se ha dedicado a actividades ganaderas y de construcción.

También fue diputado al Congreso de Chihuahua en la LXI Legislatura por el Distrito 22 de 2004 a 2006, dejando este cargo para ser postulado a diputado federal.

[2]​ Asumió constitucionalmente la gubernatura el 4 de octubre del mismo año.

Así mismo, Duarte también contrató en el gobierno a familiares y amigos suyos, entre quienes destaca Carlos Hermosillo Arteaga, quien en seis años amasó una gran fortuna.

Todo esto se dio debido a un contrato de fideicomiso en Banorte, número 744773, constituido por el gobernador y su esposa.

Fue negado por Duarte en una entrevista con Denise Maerker en su programa Punto de partida de Televisa, diciendo "lo firmé, no lo leí, a lo macho que no lo leí".

Entre dichos vuelos los tres hijos del exgobernador y su esposa Bertha Gómez también realizaron viajes al extranjero o al interior del estado para realizar compras, vacaciones u otras actividades que no tenían relación con el uso oficial de las aeronaves.

[31]​[32]​ A mediados de 2017 se dio a conocer públicamente que después de un cateo a una propiedad de Duarte en Hidalgo del Parral en abril[33]​ se halló una caja fuerte[34]​ que contenía documentos que confirmaban la existencia de una denominada "nómina secreta"[35]​[36]​ mediante la cual César Duarte sobornó con recursos públicos a más de 100 personas entre las que presuntamente se encuentran políticos del Partido Revolucionario Institucional y la oposición así como periodistas, activistas sociales y líderes religiosos.

[37]​ Entre quienes presuntamente recibieron sobornos destacaron los nombres de Hortensia Aragón Castillo,[38]​ María Ávila Serna,[39]​ Armando Cabada,[40]​ María Eugenia Campos Galván,[41]​ Javier Contreras Orozco,[42]​ Rodrigo de la Rosa,[43]​ Teokali Hidalgo,[40]​ César Jáuregui Moreno,[44]​ Cristopher James Barousse,[45]​ Cruz Pérez Cuéllar,[46]​ Fernando Reyes Ramírez[47]​ entre otros.

(El crimen hasta hoy 11 años después, sigue sin tener justicia).

[52]​ Al día siguiente, el 28 de marzo, por la mañana, se especuló que César Duarte había sido detenido y posteriormente se especuló que había sido librada una orden de aprehensión en su contra, sin embargo, no existía información oficial.

[53]​[54]​ Al mismo tiempo, en la Cámara de Diputados del Congreso de la Unión, no se le permitía tomar protesta a Antonio Tarín García, suplente del fallecido Carlos Hermosillo Arteaga, pues también le había sido girada una orden de aprehensión.

[59]​ Al día siguiente, el 8 de mayo de 2017, el gobernador Javier Corral Jurado aseguró que Duarte Jáquez estaba planeando solicitar asilo político en los Estados Unidos.

[60]​ En su contra recaen 21 órdenes de aprehensión (20 locales y una federal).

[3]​ Durante gran parte de su proceso judicial en los Estados Unidos, Duarte y su defensa alegaron que él era perseguido político en México,[69]​ así como que no era fugitivo[70]​ y que su vida "corría riesgo" en una cárcel de México en caso de ser extraditado,[71]​ además de haber tramitado diversos amparos contra sus órdenes de aprehensión;[72]​[73]​ igualmente Duarte solicitó en los Estados Unidos llevar el proceso bajo libertad condicional, siéndole negada.