El primer asentamiento conocido data de 1197 y se encuentra cerca del barrio Altkloster (monasterio viejo).
A diferencia de otros puertos del valle del Elba, que más o menos crecieron orgánicamente en torno a los ríos, Buxtehude fue el primer puerto construido de manera planificada.
Sucesivas guerras provocaron que en 1812 la población alcanzara su nivel más bajo con apenas 1843 habitantes.
No hay ninguna duda de que la ciudad y el artista solo comparten el nombre, sin relación directa.
Su padre nació en Bad Oldesloe en 1602, cuando vivían allí unas veinte personas con un apellido (von) Buxtehude o parecido (dado que la ortografía todavía no se había fijado), entre las cuales muy probablemente se encontraban el abuelo y el bisabuelo del compositor.
La única conclusión es que, en un determinado momento antes de 1517, los antecesores del músico migraron a Bad Oldesloe.