Pese a permanecer en la institución hasta el año 2005 y ser uno de los campeones del Clausura 2005, Juan Manuel no era muy tenido en cuenta por el entrenador de esa época Miguel Ángel Russo; por tal motivo Vélez decide ceder la ficha del jugador al club Argentinos Juniors.
En el equipo de la Paternal logra tener más minutos en cancha y destacarse en varios encuentros, al presentarse como titular más seguido, lo que le valió su vuelta a Vélez Sarsfield para el Apertura 2006, ya que no existía la opción de compra para Argentinos Juniors.
[6] Posteriormente pasa en calidad de préstamo al club Saudita Al-Shabab donde ganan Copa del Rey, y nuevamente regresa en 2008 a Vélez Sarsfield.
[1] En el Clausura 2011 logra salir campeón con el conjunto de Liniers siendo parte fundamental del equipo junto a Ricardo Álvarez, Maxi Moralez y Augusto Fernández entre otros.
[8] Marcó su primer gol en el elenco paulista ante el Santos en la derrota por 3-2 de su equipo, anotando el 1 a 1 parcial.
El Burrito no pudo ganarse la titularidad en el once titular y disputó 12 partidos en el Campeonato de Primera División 2016-17 marcando solamente un gol.
Como no obtuvo la continuidad que esperaba, luego de seis meses rescindió su contrato con Vélez.