Tallo-bucle

En esta secuencia, los nucleótidos en negrita, que son complementarios, se emparejarían formando el tallo, y la secuencia central no complementaria formaría el bucle.Los emparejamientos entre una guanina y una citosina comprenden tres enlaces de hidrógeno y son más estables que los emparejamientos adenina-uracilo, que sólo forman dos.La estabilidad del bucle también influye en la formación de la estructura en horquilla.Los bucles grandes, sin una estructura secundaria propia (como los emparejamientos pseudonudo) son inestables también.Un bucle común con la secuencia UUCG se denomina tetrabucle y es especialmente estable debido a las interacciones de los componentes de los nucleótidos cuando las bases se encuentran una sobre la otra.