La trama va de siete (en las 4 primeras temporadas seis) pequeños sirenos de entre 5-7 años que viven en un lugar ficticio del océano llamado Bubbletucky, ellos asisten a la escuela a cargo del señor Grooper.
En esta escuela los seis personajes imaginan increíbles y cómicas aventuras entre las cuales suelen aprender un montón de cosas.
La escena final es otra estelarizada por Gil y Molly, para seguir con el tema de salida.
La coreografía es de Beth Bogush, quien fue directora del Alvin Ailey Dance School para niños y realizada por bailarinas reales cuyos movimientos son luego recreados en animación.
donde los Bubble Guppies le enseñan al Sr. Pez Gruñón muchas cosas a través de canciones mientras que el Sr. Grouper está con el dentista.