A nivel universitario jugó para los San Diego Toreros donde fue abridor,[2]​ además de finalista por el premio al lanzador del año en 2008.

[5]​ Antes de la temporada 2010 Baseball America lo colocó como el quinto mejor prospecto del béisbol.

[7]​ Fue seleccionado como el lanzador abridor del equipo ideal de novatos por Baseball America.

Como relevista Matusz tuvo buenos números, ponchó a 19 y su efectividad fue de 1.35 en 18 apariciones.

En octubre fue operado para atender la lesión y estar listo para los entrenamientos de primavera.

Fue el segundo lanzador en ser expulsado en esa semana por la misma causa, por lo que fue suspendido por ocho partidos.

Los Cubs colocaron a Matusz como abridor en las ligas menores rras sus números de 2012.

[20]​ Después fue colocado en waivers y enviado al equipo de Triple-A Iowa Cubs.