De acuerdo al texto de introducción del autor, la obra fue realizada cuando Aguilar se había unido a la orden de Santo Domingo y contaba con más de ochenta años de edad, es decir entre 1559 y 1571.
A la muerte del autor, la obra estuvo en poder del Virrey de Nueva España y Arzobispo de México Pedro Moya de Contreras, quién la obsequió al rey Felipe II de España.
Desde entonces la “Relación breve de la conquista de la Nueva España” se conserva encuadernada con otros manuscritos del siglo XVI en la Real Biblioteca de San Lorenzo de El Escorial.
El editor, al igual que Bernal Díaz del Castillo, se refirió al autor con el nombre de Alonso de Aguilar;[2] de acuerdo al historiador mexicano José Luis Martínez, Aguilar cambió su nombre cuando ingresó a la orden de Santo Domingo.
En 1954 Federico Gómez de Orozco mandó realizar una edición en donde se incluyó un estudio del padre Mariano Gutiérrez y un pasaje sobre la vida del autor redactado por Agustín Dávila Padilla, la obra fue impresa con el nombre de “Relación breve de la conquista de la Nueva España, escrita por fray Francisco de Aguilar, de la orden de predicadores” en la editorial José Porrúa e hijos.