Aunque sus heridas fueron leves, entendió que su futuro militar se centraría en destinos administrativos.
El Congreso estaba inquieto porque un solo hombre -Kissinger- acumulara toda la influencia que le llegaba al Presidente en materia en política exterior, y Ford se vio obligado a dejar la dirección del Consejo de Seguridad Nacional en manos de Brent Scowcroft.
Pudo establecer una relación casi informal con el Presidente, que le permitía estar en total unas cuatro horas al día con él, y acompañarle en todos los viajes importantes.
Considerado un doctrinario realista, su prioridad en Oriente Medio siempre fue mantener la estabilidad regional sin tomar riesgos.
Para Scowcroft, Washington debía proponer a Irak incentivos económicos y políticos para que moderase su comportamiento.
Cuando 100.000 tropas iraquíes apoyados por 700 tanques invadieron Kuwait el 2 de agosto de 1990, Scowcroft predijo acertadamente que las sanciones económicas impuestas por las Naciones Unidas no serían suficientes, y asumió que sería necesaria una respuesta militar para que Saddam Hussein abandonase Kuwait.
Desaconsejó en todo momento que fuerzas extranjeras ocuparan ninguna zona del territorio iraquí, y defendió que los objetivos de la operación se limitasen a restaurar el Gobierno kuwaití.
UU. debía procurar una situación en la que Saddam tuviera que enfrentarse a su propio pueblo como el líder de un ejército derrotado, pero no debía tomar su derrocamiento como un objetivo específico de la respuesta militar.
Pero cuando después de la guerra varias facciones kurdas y un sector de la comunidad chíita se levantaron contra Saddam, Scowcroft exhortó al Presidente Bush para no intervenir.
No tuvo protagonismo mediático, rara vez su cara apareció en televisión, y estuvo eclipsado por la diplomacia pública y los viajes del Secretario de Estado James Baker.
En 1994 fundó The Scowcroft Group, una firma de consultoría internacional.