Actualmente existen datasets completos de Macaca mulatta, Chlorocebus aethiops, Felis silvestris catus, Mus musculus, Rattus norvegicus, y Tyto alba.
BrainMaps utiliza formatos de imagen multirresolución para representar imágenes masivas del cerebro, y un frot-end de interfaz de usuario programado en dHTML/Javascript para navegación de imágenes, muy similar a la forma en la que se navega en Google Maps con datos geoespaciales.
[1][2] Se han construido extensiones para la visualización tridimensional con aplicaciones de escritorio basadas en licencias OpenGL.
BrainMaps ha sido utilizado tanto en investigación como en apllicaciones didácticas.
[4][5] El proyecto está liderado por Ted Jones y Shawn Mikula de la Universidad de California en Davis .