Durante el gobierno otomano, el islam y el judaísmo aparecen por primera vez con porcentajes significativos en Bosnia, mientras que la iglesia ortodoxa se extiende a toda el área del estado actual.

Tomó un siglo más para que las partes occidentales de Bosnia sucumbieran a los ataques otomanos.

En el siglo siguiente, la mayor parte de la provincia bosnia no era una frontera y se desarrolló en relativa paz.

Las fronteras establecidas entonces permanecieron en su lugar durante otro siglo y medio, aunque las guerras fronterizas continuaron.

Yeni Pazar, Izvornik, Östroviç-i âtık, Çetin, Būzin, Gradişka y Banaluka fueron golpeados por los austriacos.

[9]​ Una fuente francesa describió la valentía en la batalla de las mujeres musulmanas bosnias que lucharon en la guerra.

Los sultanes otomanos intentaron implementar varias reformas económicas y militares a principios del siglo XIX para abordar los graves problemas causados principalmente por las guerras fronterizas.

Esto se debe principalmente a la gran estima que los bosniacos tenían ante los sultanes y los turcos.

Por el contrario, durante un par de siglos, Croacia estuvo bajo el dominio austrohúngaro y Bosnia bajo el dominio otomano, los musulmanes del norte y el oeste emigraron a Bosnia, formando un bolsillo fuertemente musulmán en su esquina noroeste alrededor de Bihać.

Muchos valacos se asimilaron luego a las poblaciones serbias, bosnias y croatas locales.

Los dhimmis no estaban obligados a unirse al ejército, pero pagaban un impuesto especial llamado jizya (glavarina en Bosnia).

Debido a su educación (ya que se les enseñó artes, ciencias, matemáticas, poesía, literatura y muchas de las lenguas que se hablan en el Imperio Otomano, como el árabe, el serbio, el griego y el turco), los jenízaros podrían abrirse camino hasta convertirse en Gobernadores o incluso grandes visires.