Borja es un nombre masculino, apellido y topónimo en español.
De origen devocional, refleja el culto a San Francisco de Borja, jesuita español.
La familia Borja (o Borgia) es originaria de la localidad de Borja, en Aragón, de la que toma su apellido.
Cabe señalar que este nombre es gráficamente idéntico a Боря (Borja), un nombre hipocorístico ruso del nombre Boris.