Blacher nació en la ciudad de Niuzhuang (Manchuria), donde su padre, ruso-asiático-estonio, trabajaba en un banco; su madre era alemana.

[1]​ Blacher pasó a ser alumno de composición de Friedrich Ernst Koch y estudió musicología con Friedrich Blume, Arnold Schering y Moritz von Hornbostel.

Puesto que perdió, acusado de escribir música degenerada, con la llegada del nacionalsocialismo.

En 1956, Blacher fue elegido vicepresidente, y doce años más tarde, presidente de la Academia de las Artes: sucedía en el puesto a Hans Scharoun, cuyo proyecto para la Philharmonie había respaldado por aquel entonces como miembro del jurado.

Entre sus alumnos se encuentran Aribert Reimann, Isang Yun, Maki Ishii, Fritz Geißler, Giselher Klebe, Heimo Erbse, Richard Aaker Trythall,[4]​ Klaus Huber, Francis Burt, Gottfried von Einem, Kalevi Aho y Richard Wernick.