En 1911 se unió al movimiento maderista con las fuerzas del General Emiliano Zapata, y pronto destacó como organizador de guerrillas.
Al romper Emiliano Zapata con Francisco I. Madero se mantuvo fiel al zapatismo y estableció su cuartel en la Hacienda de Temilpa, en las inmediaciones de Tlaltizapán.
Con la mayoría de los zapatitas, siguió en armas contra el entonces general y presidente Victoriano Huerta, en febrero y marzo de 1914 participó en la toma de Chilapa y en el sitio y toma de Chilpancingo, en el estado de Guerrero.
Bonifacio García inmediatamente regresó con sus fuerzas al estado de Morelos para intervenir en el sitio a la Hacienda de Zacatepec y colaborar en el sitio y toma de Cuernavaca; en esta acción le correspondió apoderarse del pueblo de Acapatzingo.
Al evacuar Cuernavaca resultó tan gravemente herido que murió el 14 de agosto de 1914.