El Bogotá F. C. se convirtió en un equipo profesional al adquirir los derechos deportivos y el reconocimiento ante Coldeportes que anteriormente poseía el Club Deportivo El Cóndor y con ello ocupar el puesto que este último había dejado vacante tras su desaparición en 2003.
Alberto Gamero, Fernando Velasco, Néstor Rodríguez, Hernan Pacheco, Mauricio Roa y Juan Carlos Grueso, han sido los técnicos que han pasado en la era bogotana y con los cuales se han forjado baluartes como Wilberto Cosme, Cristian Dájome, Andrés Mosquera Marmolejo, David Macalister Silva, Jair Palacios, Jader Valencia, Wilder Guisao, Andrés Ibargüen entre otros.
Hasta el momento la mejor campaña del Bogotá F. C. fue conseguida en el primer semestre del 2007 en la Copa Premier, luego de clasificar por primera vez a una semifinal, con una campaña casi perfecta y con una nómina mezclada entre jóvenes valores y experimentados elementos como Raúl Ramírez Gacha, Gustavo Quijano, Marcio Rodríguez Cruz (Bra) y Luis “la pulga” Pérez.
[7] Para el 2008 en la Copa Premier, el profesor Álvaro Zuluaga determinó que era necesaria la contratación de jugadores de experiencia que apoyarán a los nuevos prospectos del club capitalino, por lo tanto las directivas llevaron a las toldas bogotanas a los jugadores Óscar Londoño y al volante Leslin Orozco.En esta temporada en el Primer Semestre clasifica a los cuadrangulares quedando primero del nonogonal B y en el cuadrangular semifinal queda segundo a dos puntos del Unión Magdalena[8] que quedó subcampeón ante Deportivo Rionegro y superando a Centauros Villavicencio y Córdoba F.C y en el segundo semestre queda quinto del nonogonal B eliminado por un punto menos que Patriotas Boyacá; en la temporada 2009 en el apertura queda eliminado en el todos contra todos y en el finalización clasifica a los cuadrangulares semifinales donde queda segundo y es superado por Atlético de la Sabana al tener los mismos 10 puntos por haber obtenido mejor posición en la fase regular en este instancia final superó a los equipos Deportivo Rionegro y Itagüí Ditaires.
[9][10] Durante la temporada 2010,[11] que se disputó en un solo torneo, Bogotá cumplió una gran campaña, clasificando sexto a los cuadrangulares semifinales.
Luego de liderar la primera vuelta con siete puntos,[12][13] fue eliminado tras perder como local 2-3 frente a Deportivo Pasto y empatar en la misma condición 1-1 con Patriotas Boyacá.
[16] Para 2011, el profesor Albeiro García tomó las riendas del club, sin embargo los resultados no le ayudaron para continuar con el puesto durante el segundo semestre, ya que el equipo quedó sin chances de avanzar a las finales del Torneo Postobón, además porque recibió y aceptó un ofrecimiento de Itagüí Ditaires para que fuera asistente técnico de Carlos Mario Hoyos.
En la temporada 2013,[20] en el torneo finalización no pudo pasar a los cuadrangulares y terminó en el puesto 14 con 21 puntos en una pálida temporada para el club, el técnico Oswaldo 'La Sombra' Durán es destituido de su cargo y llega el técnico español Germán Morales.
Para el segundo semestre lamentablemente se da la peor temporada del club terminando en el puesto 17 con tan solo 11 puntos, Leonardo Rincón vuelve a su puesto de preparador de arqueros para que la próxima temporada un nuevo técnico llegue.
En el cuartel inferior aparecían siete líneas verticales cuyo color se intercalaba entre el amarillo y el rojo.
La barra más destacada es una que en su origen se llamaba La Banda del Vino y actualmente es conocida como Brigada Capital.
Pese a compartir localía con múltiples equipos bogotanos el único partido que en su momento se consideró clásico para el Bogotá F. C. fue su enfrentamiento con Academia.
El último partido entre ambas escuadras se disputó en mayo de 2012 con victoria 3 a 2 para Bogotá F.C.