Bakker nació en el Condado de Bergen, Nueva Jersey.
Se graduó en el instituto Ridgewood (Nueva Jersey) en 1963.
Entonces se puso a dar clases de anatomía en la Universidad Johns Hopkins en Baltimore, Maryland y Ciencias del espacio y la tierra, donde tuteló y colaboró con el futuro paleoartista Gregory S. Paul.
Su obra divulgativa, The Dinosaur Heresies fue su primer salto a la atención popular.
Siendo un ministro cristiano ecuménico, Bakker ha dicho que no hay un conflicto real entre religión y ciencia.