Boštjan Cesar nació en Liubliana, Eslovenia (antigua República Federal Socialista de Yugoslavia).
En 2004 se marchó cedido un año al que fuera su club cuando era juvenil, el NK Olimpija Ljubljana de Eslovenia.
Al año siguiente se marchó a Francia para jugar con el Olympique de Marsella.
Jugó muy poco en esa época y el club decide cederlo durante la temporada 2007-08 al West Bromwich Albion F. C. inglés.
[3] Según el entrenador del Inter de Milán, Rafa Benítez, Eto'o le propinó poco antes un manotazo en el cuello pero no fue sanciondo.