La mayoría de los nobles fueron corruptos y los bandidos plagaron el imperio, eliminando a inocentes.

Depende del jugador, se ramifica la historia en tres rutas paralelas, con 4 posibles finales.

Debido a que es extenso, solo se nombran los personajes protagonistas, ahora divididos en fantasinios y bronquianos, además de algunos enemigos.

Debido a los detalles no explicados en Yggdra Union, Ito publicó un FAQ en el libro Dept.

[2]​[3]​ El script del juego fue editado para hacer la historia más oscura, y el desarrollo fue de 3 años, por lo que en un año y medio, Yggdra Unison para Nintendo DS estaba a pasos finales de desarrollo.