En el año 1556 un grupo de religiosos jesuitas construyó sobre los restos del monasterio un internado, al que llamaron Clementinum.[2] El acervo de la biblioteca está en los registros del catálogo electrónico y puede ser consultado.Se le otorgó como una manera de «recompensar su contribución a la conservación y accesibilidad del patrimonio documental».[4] La belleza del edificio barroco que aloja la biblioteca contrasta de manera casi dramática con su funcionalidad.[5] Sin embargo, la necesidades espaciales se hicieron tan urgentes en el Clementinum que en 2009 se optó por construir un edificio nuevo, no para trasladar la biblioteca completa, sino para que funcionara como repositorio de colecciones y como lugar de trabajo para bibliotecarios catalogadores, digitalizadores e indexadores del material nuevo que día a día incrementa el acervo.[6] El objetivo que se cumplió fue resolver los problemas de espacio para guardar los libros, pero originalmente la idea no era esa, sino levantar una biblioteca completamente nueva.
