Beware the Beast From Below

(1969), y fue el piloto presentado a la cadena Cartoon Network, la cual aprobó la serie para producción, ordenando una temporada de 26 capítulos.

[1]​ Los mejores amigos Fred, Daphne, Shaggy, Vilma y su inseparable compañero Scooby-Doo acaban de resolver un nuevo misterio e intentan celebrarlo, pero son interrumpidos por el Sheriff de Gruta de Cristal (su ciudad natal), que los encarcela por meterse en sus asuntos, reprochándoles por haber resuelto un crimen cuando ese es su trabajo, y diciéndoles burlonamente que ya los ha acusado con sus padres y que ahora están en problemas.

Al día siguiente del lío con el Sheriff, en medio de una de estas visitas guiadas al museo, Vilma se cansa y les dice a un par de turistas que todos los monstruos y fantasmas que visitaron la ciudad resultaron ser falsos.

Pese a esto continúan cavando, hasta que de pronto una bestia mutante emerge de las profundidades y los trabajadores desaparecen.A bordo de la camioneta, Vilma intenta que Shaggy no sea tan tímido y sea más romántico con ella, pero él no quiere revelarle aún a nadie que ellos dos son novios, por miedo a como vaya a reaccionar su mejor amigo Scooby.

Daphne encuentra un extraño medallón y decide conservarlo.El Sheriff Stone llega para sacar a los chicos por estar en un área restringida, pero ellos se le enfrentan, Fred roba uno de los cuerpos y escapan en la Máquina del Misterio.

Esa misma noche, el profesor Raffalo desaparece, habiendo sufrido el mismo destino que los trabajadores.Al día siguiente, los chicos van a animar a un deprimido Fred, que estaba refugiándose en la estación de radio K-Ghoul sintiéndose culpable.

Conociendo ya el objetivo de la bestia, los chicos arman una trampa para atraparla, pero terminan siendo congelados como todos los anteriores.

no es del profesor Raffalo, pues este dice nunca haberlo visto.