Desde entonces, ha realizado tres cortometrajes y dos documentales, entre los que figura el titulado Qui je suis (1996), además de un puñado sus largometrajes.

Bertrand Bonello presenta un universo singular con Tiresia, su tercera película, que participó en la competición oficial del festival de Cannes en 2003.

En 2005, presentó a la selección oficial de Cannes el cortometraje Cindy, The Doll is mine.

En él, la actriz Asia Argento interpreta un personaje inspirado en la fotógrafa estadounidense Cindy Sherman.

En 2011, estrena la película L'Apollonide: souvenirs de la maison close, una atrevida ficción sobre un lupanar, con una distribución prestigiosa para un presupuesto limitado.

En palabras de Bertrand Bonello, el director ha querido mostrar «lo que le costaba al modisto ser Yves Saint Laurent todos los días», entre creación, depresión y deberes personales.

Está protagonizada por Louise Labèque, Julia Faure, Gaspard Ulliel, Laetitia Casta, Vincent Lacoste, Louis Garrel y Anaïs Demoustier, y es la última película rodada por Gaspard Ulliel antes de su muerte.