El territorio comuna comprende las aldeas de: Chèvres, Loëx, Lully, Sézenove y la desaparecida Vuillonnex.
En 1536, Berna conquista una parte del antiguo condado de Ginebra e introduce la reforma.
En 1589, Carlos Manuel I de Saboya denuncia el tratado y un párroco es así designado en Bernex.
A pesar de las conversiones masivas, el culto protestante logra mantenerser, aunque con dificultad.
Tras la anexión de Saboya a Francia en 1793, Bernex, Onex y Confignon forman una comuna.