En 1997,[3]​ transicionó a hombre, y publicó escritos acerca del sexismo en el mundo científico.

Sus trabajos se publicaron en revistas científicas tales como Nature Neuroscience y Cell.

Sus objetivos en la investigación se centraron en el papel de las células gliales en la falla del sistema nervioso central para regenerarse.

Aunque era el estudiante más destacado de la clase, le fue difícil conseguir un supervisor para su investigación.

[11]​ Después de impartir su primer seminario como hombre, se oyó comentar a un científico: «Ben Barres ha dado hoy un gran seminario, su trabajo es mucho mejor que el de su hermana [pensando que Barbara era su hermana]».

En 2008, recibió el Premio Mika Salpeter a la Carrera de Toda una Vida.

[18]​ Cofundó Annexon Biosciences, Inc., una empresa que fabrica medicamentos para bloquear la neurodegeneración en los pacientes con alzhéimer y otras enfermedades neurológicas.