Ha sido establecido sobre el antiguo local del Seminario de San Antonio Abad que data del siglo XVII y es de estilo barroco andino construido sobre muros incas.
En ese momento, las instalaciones del seminario fueron adquiridas y remodeladas por la empresa estatal peruana Entur Perú para acoger al hotel.
El edificio actualmente es considerado un monumento histórico al formar parte de la Zona Monumental del Cusco desde 1972.
En el centro del hotel hay un claustro con una fuente y un antiguo cedro que tiene 300 años.
Desde entonces, el Hotel Monasterio ha sido remodelado dos veces para actualizar sus habitaciones y áreas comunes.