Mientras los Gungan estaban luchando contra el ejército droide, los Naboo (acompañados por Padmé Amidala, Qui-Gon Jinn y Obi-Wan Kenobi) tendieron una trampa para capturar al Virrey de la Federación, Nute Gunray.

En otro lugar de Naboo, concretamente en las dependencias del Palacio, los dos Jedi se toparon con un personaje inesperado: Darth Maul, un sith el cual era el aprendiz, en aquellos momentos, de Darth Sidious.

Los Naboo continuaron hasta el palacio, donde unos pilotos especializados recuperaron sus cazas y se dirigieron hasta el bloqueo espacial con la misión de destruir la naves nodrizas de la Federación.

Por tanto, la Federación de Comercio perdió esta batalla y el planeta fue liberado.

La batalla fue muy violenta, si bien sin resultados, ya que el Imperio terminó invadiendo el planeta pasando a formar parte de sus colonias imperiales.