Su fachada y entrada principal se encuentran alineadas con la catedral del Buen Pastor, creándose un eje formado por la continuación de la calle Mayor, convertida después del Boulevard en la calle Hernani y, más adelante, la calle Loyola.

La basílica se levanta en el solar que una vez ocupó una iglesia románica de los siglos XII y XIII construida por los reyes de Navarra y luego ampliada en estilo gótico renacentista entre 1522 y 1560 por los Habsburgo, entonces reyes de España.

Destaca la dulzura de su expresión y su tez morena.

El santo Sebastián también está presente tanto en un lienzo del altar mayor, obra de Luis Boccia del año 1819, como en una escultura de la fachada.

En los pies de la iglesia se encuentra el coro, comunicado mediante una escalinata.